Dans le domaine en pleine mutation de l’évaluation du microbiome cutané, le choix de l’outil analytique est une décision stratégique qui impacte autant la validité scientifique des résultats que le budget du projet. Aujourd’hui, deux technologies majeures dominent le marché : le séquençage de l’ARNr 16S et la métagénomique Shotgun.
1. Le « Qui est qui » : Le séquençage de l’ARNr 16S
Le séquençage 16S est la méthode la plus utilisée dans les tests cliniques cosmétiques. Il se concentre sur un gène spécifique (le gène de l’ARN ribosomal 16S) présent chez toutes les bactéries, mais absent chez les virus et les eucaryotes.
- Fonctionnement : Il agit comme un système de « code-barres ». En séquençant les régions hypervariables de ce gène, les laboratoires identifient les taxons présents.
- Avantages : Coût abordable, protocoles bien établis, idéal pour les cohortes importantes.
- Inconvénients : Résolution limitée (difficulté à distinguer les souches au sein d’une même espèce) et ignore les micro-organismes non bactériens (fongiques, viraux).
2. Le « Que font-ils » : La métagénomique Shotgun
Contrairement au 16S, la métagénomique Shotgun séquence tout l’ADN présent dans l’échantillon. Elle offre une vue beaucoup plus granulaire de l’écosystème.
- Fonctionnement : L’ADN est fragmenté et séquencé de manière aléatoire (d’où le terme « Shotgun », ou « fusil à pompe »). Cela inclut l’ADN bactérien, viral, fongique et humain.
- Avantages : Haute résolution taxonomique (jusqu’à la souche) et profilage fonctionnel (identification des voies métaboliques).
- Inconvénients : Coût nettement plus élevé, nécessite une bio-informatique complexe et une gestion de données lourde.
3. Tableau comparatif : 16S vs Shotgun
| Caractéristique | Séquençage ARNr 16S | Métagénomique Shotgun |
| Cible principale | Bactéries & Archées uniquement | Tout l’ADN (Bactéries, Champignons, Virus) |
| Niveau de résolution | Genre / Espèce | Souche |
| Analyse fonctionnelle | Prédictive uniquement | Fonctions métaboliques observées |
| Coût par échantillon | Faible à Modéré | Élevé |
| Complexité des données | Standard | Très élevée |
| Idéal pour… | Screening de routine / Grandes cohortes | Innovation Premium / Allégations fonctionnelles |
« Le choix entre 16S et Shotgun doit être guidé par l’allégation finale. Pour prouver un équilibre général, le 16S suffit. Pour démontrer un effet métabolique spécifique, le Shotgun est la référence absolue. » — Note d’expert Skinobs
Conclusion
Si le 16S reste la « cheville ouvrière » de l’industrie, la métagénomique Shotgun devient incontournable pour les allégations premium liées à la réparation de la barrière cutanée ou à l’anti-âge, où la compréhension du métabolisme bactérien est cruciale.
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